W północno - wschodniej części Mazowsza w dorzeczu rzek Pisy, Szkwy, Omulwi i Orzyca w XVI wieku zwartą przestrzenią rozciągały się lasy Puszczy zagajnicy, zwanej obecnie Zieloną Puszczą Kurpiowską. Od strony północnej graniczyła ona z Prusami przechodząc w knieje szczecińsko - jansborskie, które stanowiły jej naturalne przedłużenie, na południu dochodziła do rzeki Narwi na odcinku od Nowogrodu do Ostrołęki.
Administracyjnie teren ten należał do starostw: łomżyńskiego i ostrołęckiego oraz powiatów różańskiego i przasnyskiego.
W XVI wieku części tej puszczy nosiły kilka nazw lokalnych. Lasy znajdujące się między Pisą a Szkwą należące do starostwa łomżyńskiego zwaną Zagajnicą Łomżyńską. Ziemie te stanowiły własność książąt Mazowsza, a po wcieleniu w 1526 roku do korony królów polskich.
Knieje puszczańskie zamieszkiwane były przez niedźwiedzie, łosie, rysie, dziki, jelenie oraz łasice atrakcyjne dla myśliwych ze względu na cenne futerka, które według relacji ówczesnego badacza Mazowsza, Jędrzeja Święcickiego, jakością swoją przewyższały futerka moskiewski i litewskiei. Prócz licznej zwierzyny puszcza obfitowała w drewno, pokłady rudy darniowej i ryby występujące w rzekach, rzeczkach, strugach, jeziorach i licznych rozlewiskach. Nie brak było również sokołów poszukiwanych do łowów. W całej puszczy pełno było dzikich pszczół, które miały swe barcie w dziuplach drzew. Toteż puszcza pozostawała terenem łowów królewskich, a na straży jej stały pobudowane dwory myśliwski i mieszkający przy nich strzelcy królewscy.
Jeden z takich dworów książęcych mieścił się nad jeziorem Krusko zwane później Serafin. Powstała tam później osada o tej nazwie. Wieś Lipniki istniała już w 1673 roku na krótka przedtem założona. W 1763 roku było w Lipnikach 66 osób dorosłych, a w całej Puszczy tego Starostwa ledwie 25, gdy w Puszczy Ostrołęckiej było w nowych wsiach już 340 osób.
Inne osady wiejskie puszczy: Dęby, Łyse, Łączki powstały po "potopie" Szwedzkim. Znękany i zbiedzony chłop na skutek wojen chętnie osiedlał się wśród lasów i bagien, gdzie był bezpieczny od napadów i rekwizycji obcych, bądź nawet i swoich oddziałów wojskowych, gdzie wreszcie wolny był od ekonomskiego bata, wciąż napędzającego do pańszczyzny.
Odtąd też stopniowo w ciągu XVII i XVIII wieku całość Puszczy została zasiedlona. Część wsi otrzymała nazwy od cech topograficznych Puszczy, część od nazwisk rodowych nowych osadników, za wzorem nazw wsi szlachty mazowieckiej i wsi puszczańskich w innych regionach Polski. Osiedlali się tu nie tylko Mazurzy z Prus Książęcych, ale nawet warmiacy (wieś Warmiak). Wielu z nich uciekło przed najazdem tatarskim.
Przemiany społeczno - gospodarcze w puszczy, dalszy rozwój osadnictwa rolnego przyczyniły się do upadku bartnictwa. Ostateczny wpływ na jego likwidację miał upadek niepodległości w 1795 roku. Ziemie Puszczy Zielonej znalazły się pod zaborem pruskim. Zarządzeniem władz pruskich z 1801 roku zniesiono prawo bartne. Nastąpił okres systematycznej dewastacji drzewostanu , w tym i drzew bartnych w sposób rabunkowy.
W 1807 roku ziemie te weszły w skład Księstwa Warszawskiego a w 1815 roku znalazły się w granicach Królestwa Polskiego, to ostatnie było integralną częścią Cesarstwa Rosyjskiego. Puszcza Kurpiowska nigdy nie stanowiła wyodrębnionej jednostki administracyjnej. Główna część terenów puszczańskich wchodziła w skład Starostwa Łomżyńskiego i Ostrołęckiego, przy czym tereny Łysych wchodziły w skład Starostwa Łomżyńskiego.
Upadek powstania styczniowego był przyczyną nowego podziału administracyjnego. Rok 1867 przynosi całkowitą unifikację ustroju administracyjnego Królestwa Polskiego z Cesarstwem Rosyjskim, opartą na ogólnorosyjskiej ustawie o ustroju guberni z 1865 roku. Nowa ustawa o zarządzie gubernialnym Królestwa Polskiego wprowadzona na mocy ukazu z 19. XII.1866 roku zmieniła zasadniczo organizację administracji terenowej. Gubernia Augustowska została podzielona na Łomżyńską i Suwalską. W skład Guberni Łomżyńskiej wszedł powiat kolneński a wraz z nim tereny gminy Łyse. Nie udało mi się ustalić, od którego roku Łyse było siedzibą władz gminnych. Od 1884 roku istnieje wykaz wójtów tej gminy.
W 1827 roku była to wieś rządowa a było w niej 83 domy i 503 mieszkańców.
Wybuch I wojny światowej w lipcu 1914 roku dla mieszkańców gminy nadgranicznej był faktem mającym doniosłą rolę w życiu codziennym. Już w 1915 roku Niemcy zbudowali wąskotorową kolej prowadzącą z Kolna do Myszyńca przez tereny gminy Łyse do eksploatacji drewna z Puszczy. W dniu 6.II.1915 roku w dniu rozpoczęcia tzw. wojny zimowej na Mazurach front stał na linii Sudargi nad Niemnem do Nowogrodu nad Narwią. Stroną rosyjską z Margrabowej (Olecko) oddział generała Seevers - armią o sile 170 tysięcy żołnierzy. Odcinek Pisz - Kolno był obsadzony przez 57 rezerwową dywizję piechoty, dowódcy III Syberyjskiego Korpusu generałowi Radkiewiczowi. Pomiędzy Pisą a Szkwą w Łysych umiejscowiona była I Samodzielna Brygada Kawalerii, mająca za zadanie osłanianie kierunku na Nowogród, Łomżę i Ostrołękę.
W 1926 roku losy siedziby gminy ważyły się. Przyczyną tego był pożar, który zniszczył część zabudowań od centrum w kierunku Myszyńca. Spłonął również budynek - siedziba władz gminnych. Odbudowany został jednak i Łyse utrzymało się w radzie gminy.
Wkrótce gmina zmieni przynależność terytorialną. Otóż niepowodzenia natury ekonomicznej (zwłaszcza starosty Franciszka Kulikowskiego) były powodem wydania rozporządzenia Rady Ministrów 21 marca 1931 roku dotyczącego rozwiązania powiatu kolneńskiego z dnia 1.IV.1932 roku. Łyse z dwiema gminami: Turośl i Gawrychy przyłączono do powiatu ostrołęckiego.
W czasie okupacji hitlerowskiej gmina Łyse wraz z innymi gminami lub wsiami leżącymi na lewym brzegu Narwi włączona została do Prus Południowo - Wschodnich tzw. rejencji ciechanowskiej (Sud - Ostprenssen, Regierungsbezirk Zicherom).
Po wyzwoleniu 3 gminy byłego powiatu kolneńskiego Turośl, Zbójna oraz Łyse należały do powiatu ostrołęckiego. Sołtysem powojennym w Łysych Ignacy Zajk, który następnie zostaje powołany przez Starostę Powiatu Ostrołęckiego z dnia 10.VII.1945 na wójta.
W 1947 roku wicewojewodą białostockim zostaje Stanisław Krupka, wychodzi on z propozycją utworzenia powiatu kolneńskiego.
Rozporządzeniem Rady Ministrów z dnia 6.IV.1948 roku (Dz.U. RP nr 21, poz. 148) utworzono nowy powiat kolneński z siedzibą władz powiatowych w Kolnie. W skład reaktywowanego powiatu weszły również gminy z powiatu ostrołęckiego województwa warszawskiego: Łyse, Turośl oraz Gawrychy. Rozporządzenie to weszło w życie z dniem 22.IV.1948 roku z mocą obowiązującą od 1.I. 1948 roku. W 1952 roku w myśl propagowanego hasła: " Władza bliżej ludu " obszar gminy podzielono na Gromadzkie Rady Narodowe. Było ich 5: w Babie, Lipnikach, Łysych, Zalasiu i Dudach Puszczańskich. Dwie z nich upadły: w Dudach Puszczańskich i Babie. Pozostałe przetrwały do 1972 roku. Z dniem 1 stycznia 1973 roku powstała z połączenia tych gromad gmina Łyse, a pełnomocnikiem powiatowym do połączenia GRN był Czesław Zajk . Nad łączeniem pracował od września do grudnia 1972 roku, a z dniem 1 stycznia 1973 roku objął urząd Naczelnika Gminy. Urząd ten pełnił do 1980 roku.
W wyniku nowego podziału administracyjnego Polski w 1975 roku Kolno przestało być siedzibą władz powiatowych, a utworzony Urząd Miasta i Gminy wcielony do województwa łomżyńskiego, gmina Łyse zaś województwa ostrołęckiego. Obecnie po dokonaniu kolejnego podziału administracyjnego miasto Ostrołęka, a także gmina Łyse znajdują się w województwie mazowieckim.
